มหาวิทยาลัยพะเยา มีระบบการจัดการน้ำ เพื่อกักเก็บน้ำดิบผลิตน้ำประปาไว้ใช้อุปโภคภายในมหาวิทยาลัยอย่างมีประสิทธิภาพ โดยใช้ทรัพยากรน้ำที่มีอยู่ภายในและภายนอกมหาวิทยาลัย ผ่านแหล่งน้ำหลักที่สำคัญ 3 แหล่ง ได้แก่ อ่างหลวง (ความจุ 657,000 ลบ.ม.) อ่างนกยูง (ความจุ 433,000 ลบ.ม.) และอ่างเก็บน้ำห้วยนาปอย(ความจุ 357,000 ลบ.ม.) ซึ่งทั้งหมดนี้มีบทบาทสำคัญในการผลิตน้ำประปาคิดเป็นสัดส่วนถึง 79% ของปริมาณน้ำที่ใช้ทั้งหมดภายในมหาวิทยาลัย
ตามข้อมูลประจำปีงบประมาณ 2567 มหาวิทยาลัยสามารถผลิตน้ำประปาได้คิดเป็นสัดส่วน 79% ของปริมาณที่ใช้ทั้งหมด (377,572 ลบ.ม.) ในขณะที่น้ำประปาจากภายนอกมีการนำเข้ามาคิดเป็นสัดส่วน 21% (102,748 ลบ.ม.) ระบบผลิตน้ำประปาภายในมหาวิทยาลัยพะเยา ควบคุมการทำงานด้วยคอมพิวเตอร์ระบบ SCADA แสดงผลคุณภาพน้ำแบบออนไลน์และวิเคราะห์ข้อมูลในอดีตและข้อมูลใหม่ได้จากระยะไกลแบบเรียลไทม์ โดยน้ำที่ผลิตได้จากระบบผลิตประปาของมหาวิทยาลัยสามารถจ่ายให้ผู้ใช้งานได้ในปริมาณเฉลี่ยวันละ 1,818 ลบ.ม. หรือคิดเป็นเฉลี่ยรายเดือน 54,541 ลบ.ม. แหล่งน้ำทั้ง 3 แหล่ง ได้นำไปใช้ประโยชน์ ดังนี้
อ่างหลวง (ความจุ 657,000 ลบ.ม.) เป็นแหล่งน้ำภายใน ใช้ในการอุปโภคบริโภคภายในมหาวิทยาลัย รวมถึงงานสวนและงานพัฒนาภูมิทัศน์
อ่างนกยูง (ความจุ 433,000 ลบ.ม.) เป็นแหล่งน้ำภายใน ใช้สำรองสำหรับส่งน้ำดิบให้โรงผลิตน้ำประปาแห่งที่ 2 และ 3 ผลิตน้ำประปาใช้ในการอุปโภคภายในมหาวิทยาลัย รวมถึงเป็นแหล่งน้ำสำหรับการศึกษาและวิจัยของคณะเกษตรศาสตร์และทรัพยากรธรรมชาติ ในเนื้อที่ 50 ไร่ และสำหรับสวนยางพาราของมหาวิทยาลัยในเนื้อที่ 40 ไร่
อ่างเก็บน้ำห้วยนาปอย (ความจุ 357,000 ลบ.ม.) เป็นแหล่งน้ำภายนอก แหล่งน้ำธรรมชาติที่อยู่ห่างไกลจากมหาวิทยาลัย 4 กิโลเมตร ใช้ในการส่งน้ำดิบให้มหาวิทยาลัยผลิตน้ำประปาและสำหรับเกษตรกรรมให้แก่หมู่บ้านตำบลแม่กาหมู่ที่ 1, 4, 10, 14 จำนวนทั้งสิ้น 1,175 ครัวเรือน
การวางแผนและบริหารจัดการน้ำอย่างรอบคอบ พร้อมกับการนำเทคโนโลยีที่ทันสมัยมาใช้ในการควบคุมและตรวจสอบคุณภาพน้ำ ทำให้มหาวิทยาลัยลดต้นทุนในการจัดซื้อน้ำประปาอีกทั้งยังช่วยรักษาสิ่งแวดล้อม ซึ่งพื้นที่ของมหาวิทยาลัยที่มีทั้งหมด 5,158 ไร่ แบ่งการใช้ประโยชน์พื้นที่ออกเป็น 3 ส่วน โดยหลัก 70% หรือประมาณ 4,794,220 ตารางเมตร เป็นพื้นที่ป่าไม้ มหาวิทยาลัยได้ดำเนินการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชและสัตว์ รวมถึงปลูกป่าเพื่อเพิ่มพื้นที่สีเขียว สัดส่วน 25% หรือประมาณ 367,248 ตารางเมตร เป็นพื้นที่ใช้ประโยชน์ ซึ่งประกอบไปด้วย อาคาร สถานที่สำหรับการเรียนการสอนและกิจกรรมต่างๆ ถนน ลานจอดรถ และ 5% หรือประมาณ 3,092,493 ตารางเมตร เป็นแหล่งน้ำซึ่งประกอบไปด้วย แหล่งน้ำบนผิวดิน แหล่งน้ำใต้ดิน และระบบประปา
มหาวิทยาลัยพะเยา ให้ความสำคัญกับการอนุรักษ์สิ่งแวดล้อมและทรัพยากรธรรมชาติ ควบคู่ไปกับการพัฒนาการศึกษาและวิจัย เพื่อให้เกิดประโยชน์ต่อชุมชนและประเทศชาติอย่างยั่งยืน